Den nuværende gård opføres af Jørgen Brahe, kaldet den lille konge på Fyn, i perioden 1638-56.

I 1756 har Christian Rantzau ombygget hovedbygningen til den nuværende skikkelse og lindealleerne plantes.

I 1828 køber Willum Frederik Treschow Brahesborg, efter at staten har ejet godset siden en tvangsauktion i 1822.

I 1846 opføres avlsgården Wilhelmsborg og i 1850 opsættes hængebroen over voldgraven. Hængebroen er i dag fredet og Danmarks ældste eksisterende hængebro.

Efter brande på Brahesborg opføres to nye ladebygninger i 1900 og i 1926 herskabsridestald, to nye trælader og de ikke nedbrændte længer renoveres.

Ved sin død i 1951 overdrager en barnløs Frederik Wilhelm Treschow godset til sin søstersøn Bror Carl Adolf Cederfeld de Simonsen, som driver godset til 1963, hvor det overdrages til sønnen Ivar Cederfeld de Simonsen.

I 1980 overtager sønnen Peter Cederfeld de Simonsen Brahesborg, som første del af et glidende generationsskifte. I 2016 opfører Peter Cederfeld de Simonsen en ny trælade med nyt korn- og frøtørreri.​​​​​

Pr. 1/1-2019 er der gennemført et nyt generationsskifte, hvor ved hovedparten af godset er overdraget til Christian Cederfeld de Simonsen.